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Algorithmische Bioinformatik I

  • Dozent:
    Dr. Hanjo Täubig
  • Modul: IN2179
  • Bereich:
    4+2 SWS Vorlesung im Bereich Informatik III (Theoretische Informatik)
    Vertiefende Vorlesung im Gebiet Algorithmen
  • Zeit und Ort:
    Dienstag, 10:15-11:45, MI 00.08.038
    Donnerstag, 12:15-13:45, MI 00.08.038

  • Übung:
    2 SWS Übung zur Vorlesung
    Donnerstag, 10:15-11:45, Raum MI 03.11.018
    Übungsleitung: Johannes Nowak
  • Schein:
    Einen Schein erhält, wer erfolgreich an der Prüfung teilnimmt.
  • Hörerkreis:
    Studierende im Hauptstudium der Informatik
    Studierende mit Nebenfach Informatik
  • ECTS: 8 Punkte
  • Voraussetzungen:
    Stoff des Informatik Grundstudiums
    Vorlesung Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen I vorteilhaft, aber nicht notwendig.
  • Empfehlenswert für:
    Erweiterte Kenntnisse im Bereich Algorithmen
  • Inhalt:
    1. Molekularbiologische Grundlagen
    2. Algorithmen zur Textsuche
    3. Paarweises Sequenzen-Alignment
    4. Mehrfaches Sequenzen-Alignment
    5. Fragment Assembly
  • Weiterführende bzw. verwandte Vorlesungen:
    Algorithmische Bioinformatik II
  • Folien:
    • 17.04.2008 (Molekularbiologische Grundlagen)
    • 22.04.2008 (Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus)
    • 24.04.2008 (Aho-Corasick-Algorithmus)
    • 06.05.2008 (Aho-Corasick-Algorithmus, Vorsicht, es sind noch Fehler enthalten.)
    • 08.05.2008 (Boyer-Moore-Algorithmus)
    • 15.05.2008 (Analyse des Boyer-Moore-Algorithmus)
    • 27.05.2008 (Tries, Suffix Tries, PATRICIA Tries)
    • 29.05.2008 (Suffix Trees, Ukkonen-Algorithmus)
    • 03.06.2008 (Ukkonen-Algorithmus, Analyse)
    • 05.06.2008 (Paarweises Sequenzen-Alignment, Edit- und Alignment-Distanz)
    • 12.06.2008 (Beziehung zwischen Distanz und Aehnlichkeit)
    • 17.06.2008 (Hirschberg-Algorithmus)
    • 19.06.2008 (Analyse des Hirschberg-Algorithmus)
    • 24.06.2008 (Spezielle Lueckenstrafen: Semiglobale u. lokale Alignments, Allg. Lueckenstrafen)
    • 01.07.2008 (Allgemeine und konkave Lückenstrafen)
    • 03.07.2008 (Konkave Lückenstrafen)
    • 08.07.2008 (Alignment: One-Against-All, Fragment Assembly, Vorsicht, es sind noch Fehler enthalten.)
    • 10.07.2008 (Fragment Layout)
    • 15.07.2008 (Fragment Layout / Euler-Pfaden in Oligo-Graphen bzw. mit maximalen Spannbäumen)
    • 17.07.2008 (Mehrfaches Sequenzen-Alignment)
  • Skript:
    Die Folien zur Vorlesung basieren auf dem Skript von Prof. Heun.
  • Literatur:
    • P. Clote, R. Backofen:
      Computational Molecular Biology - An Introduction,
      John Wiley & Sons, 2000.

    • N. C. Jones, P. A. Pevzner:
      An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
      MIT Press, 2004.

    • P. A. Pevzner:
      Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach,
      MIT Press, 2000.

    • J. Setubal, J. Meidanis:
      Introduction to Computational Molecular Biology,
      Brooks/Cole Publishing Company, 1997.

    • M. S. Waterman:
      Introduction to Computational Biology - Maps, Sequences and Genomes,
      Chapman & Hall/CRC, 2000.

  • Sprechstunde:
    siehe hier